Definindo o Código do funcionário no momento do cadastro
Para que você consiga definir o Código do funcionário no momento de seu cadastro, ao invés de ser fornecido automaticamente, acesse o menu Utilitários/Configurações do Sistema.
Em seguida acesse a aba Preferências 1 e tire a seleção do campo Geração do Código do funcionário automático
Se você desejar o mesmo tratamento para o Código do cadastro de sócio e autônomo, acesse o mesmo menu e tire a selação do campo Geração do código de sócio/autônomo automático.